Dalam pelaksanaan pencapaian tujuan tersebut terdapat berbagai hambatan dan ancaman yang harus dihadapi. Salah satu ancaman yang berpotensi besar adalah adanya penyakit pada hewan dan ikan serta organisme pengganggu tumbuhan, baik yang belum maupun yang telah terdapat di dalam wilayah Indonesia.
Pemerintah sebagai perwujudan dari negara harus mampu melakukan pencegahan sebagaimana tujuan negara Indonesia yang dituangkan di dalam alinea keempat pembukaan UUD Negara Republik Indonesia Tahun 1945. Yaitu melindungi segenap bangsa Indonesia dan seluruh tumpah darah Indonesia dan untuk memajukan kesejahteraan umum, mencerdaskan kehidupan bangsa, dan ikut melaksanakan ketertiban dunia yang berdasarkan kemerdekaan, perdamaian abadi dan keadilan sosial.
Melalui UU Nomor 16 Tahun 1992 Tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan, pemerintah telah melakukan usaha untuk mencegah ancaman yang dapat merusak kelestarian sumber daya alam hayati dari masuk, keluar, dan tersebarnya penyakit hewan, penyakit ikan, dan organisme pengganggu tumbuhan yang selain membahayakan kelestarian sumber daya alam berupa hewan, ikan, dan tumbuhan, juga dapat membahayakan bagi kehidupan manusia maupun lingkungan hidup.
Perkembangan lingkungan strategis yang sedemikian cepat dan dinamis dalam kurun waktu 20 (dua puluh) tahun terakhir telah memberikan dampak yang signifikan dalam penyelenggaraan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan. Hal ini terkait dengan laju arus perdagangan antarnegara yang dapat berdampak positif dan juga negatif. Selain mendapatkan keuntungan berupa devisa, perdagangan juga mampu memperluas jangkauan pemasaran dan meningkatkan transfer teknologi serta ilmu pengetahuan.
