Sedang Ormas agama kedua terbesar, Muhammadyah tampaknya bersikap hati-hati terhadap lebijakan tersebut dengan memberi beberapa alasan cukup rasional. Terutama alasannya jika ada penawaran resmi pemerintah kepada Muhammadiyah baru akan membahasnya dengan seksama, bagaimana sebaiknya. Terutama selama tidak melanggar prinsip kegiatan keagamaan, sosial, dan kemasyarakatan Muhammadyah.
Tapi ada juga ormas keagamaan, Persatuan Gereja Indonesia, PGI yang menolak terlibat dengan kebijakan tersebut, karena menganggap ikut mengelola usaha tambang menjadi kontroversi bagi PGI. Sebab usaha tersebut sangat kompleks dan memiliki implikasi yang sangat luas, dan yang pasti itu bukan bidang pelayanan dan PGI tidak memiliki kemampuan di bidang tersebut. Jadi benar-benar berada di luar mandat yang dimiliki oleh PGI.
Apalagi selama ini PGI aktif mendampingi banyak korban akibat kebijakan pembangunan, termasuk korban usaha pertambangan. Sehingga jika ikut menjadi pelaku usaha tambang, maka akan berpotensi menjadikan PGI melawan prinsip ormasnya sendiri, jadi akan sangat rentan GPI kehilangan legitimasi moral dari pengikutnya.
Kemudian, oleh beberapa pihak kritis sangat menkhawatirkan bahwa kebijakan tersebut berpotensi menciptakan konflik horizontal antara pihak ormas keagamaan yang diberi hak mengelola dengan kelompok masyarakat adat. Terutama jika lokasi penambangan berimpitan dengan lokasi tanah adat masyarakat. Apalagi jika dari dua kelompok masyarakat tersebut berbeda keyakinan atau kepercayaan.
