Diketahui, Wihalminus Sombolayuk sendiri telah diberhentikan sebagai Rektor Atma Jaya, sesuai dengan surat Keputusan Pengurus Yayasan Perguruan Tinggi Atma Jaya Makassar, Nomor : 010/YPTAJM/SK/II/2025, per tanggal 24 Februari 2025.
Surat tersebut tentang Pemberhentian Dengan Hormat Wihalminus Sombolayuk dari tugas dan tanggung jawabnya sebagai Rektor Universitas Atma Jaya Makassar, periode tahun 2021-2025. Surat ini ditandatangani oleh Ketua Yayasan Atma Jaya, Lita Lompo, dibubuhi stempel Yayasan Atma Jaya
Pemberhentian tersebut dilakukan karena berbagai pertimbangan. Pertama, Wihalminus Sombolayuk sebagai Rektor Universitas Atma Jaya Makassar periode Tahun 2021-2025, telah melakukan beberapa pelanggaran, sebagaimana tercantum dalam surat pemberhentian.
“Pertama, bahwa yang bersangkutan telah melampaui tugas dan fungsinya sebagai rektor. Kedua, bahwa yang bersangkutan diduga berpihak kepada yayasan yang belum serah terima dan memfasilitasi ruang rektorat sebagai tempat pertemuan mereka. Ketiga, pelanggaran yang dilakukan Rektor sangat berat sehingga pemberhentian dengan hormat ini tidak memungkinkan adanya pertimbangan Senat Universitas Atma Jaya Makassar,” jelas surat tersebut.
Bahwa untuk maksud tersebut di atas perlu menerbitkan keputusan. Mengingat, Pertama, Undang-undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi. Kedua, Surat Edaran Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor 2705/D/T/1998 tentang Persyaratan dan Prosedur Pengangkatan Pimpinan PTS.
Kemudian ketiga, Akta Nomor 17 tanggal 9 Juni 1980 tentang Anggaran Dasar Yayasan, dan perubahan dengan Akta Notaris Lieke Tunggal No. 29 Tahun 2017 tertanggal 21 Desember 2017. Terakhir, Keputusan Pembina Yayasan Perguruan Tinggi Atma Jaya Makassar tentang perpanjangan masa jabatan Pembina, Pengawas dan Pengurus Yayasan Perguruan Tinggi Atma Jaya Makassar Periode 2017-2022.
