Sehingga melakukan liputan investigasi cukup berisiko karena mengungkap fakta yang dirahasiakan atau disembunyikan. Pihak-pihak yang merasa dirugikan oleh hasil pemberitaan bisa saja menggugatnya ke ranah pidana. Salah satu potensi risiko yang bisa timbul dari liputan investigasi adalah jeratan pencemaran nama baik (criminal defamation).
Besarnya risiko liputan investigasi ini tentu membuat media massa menerapkan prosedur/verifikasi yang ketat sebelum menyiarkan/mempublikasikan hasil liputan investigasi. Inilah yang membuat proses liputan investigasi butuh waktu berbulan-bulan bahkan bertahun-tahun sebelum ditayangkan/dipublikasikan.
Tak jarang setelah dilakukan riset dan analisis data investigasi (dengan pendekatan people trail, document/paper trail hingga money trail), liputan investigasi tidak dilanjutkan lantaran data dan faktanya tidak kuat. Apalagi tidak semua peristiwa atau ide liputan itu layak untuk diinvestigasi. Acuan kelayakannya menurut Tempo Institute antara lain nilai berita (news value) misalnya dari faktor kebaruan, kemudian bobot berita (magnitude), tokoh di pusaran skandal, relevansinya dengan kepentingan publik dan faktor eksklusivitas.
Tentunya, pelarangan tayangan eksklusif jurnalisme investigasi berpotensi melemahkan mekanisme checks and balances di masyarakat. Tanpa pengawasan yang kuat dari media, peluang untuk terjadinya penyalahgunaan kekuasaan menjadi lebih besar. Kasus-kasus penting yang seharusnya diketahui publik mungkin tidak akan pernah diungkap sehingga merugikan masyarakat luas.