Hampir di setiap negara di dunia terdapat satu atau lebih kelompok minoritas yang hidup di dalam wilayah nasional mereka. Kelompok-kelompok ini memiliki identitas etnik, bahasa, atau agama yang berbeda dengan mayoritas penduduk.
Sebagai bentuk keberpihakan pemerintah pusat kepada Provinsi Papua Pegunungan dan provinsi lainnya di tanah Papua dengan diberikannya Otonomi Khusus (Otsus) papua. Pada prinsipnya, Otonomi Khusus Papua merupakan bentuk pemberian otoritas yang lebih besar kepada provinsi dan warga Papua untuk mengelola dan mengurus dirinya sendiri di dalam sistem Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Dengan adanya Otonomi Khusus Papua, terdapat perbedaan mendasar antara Provinsi Papua dengan provinsi lainnya di Indonesia. Di satu sisi, ada kebijakan yang hanya berlaku di Provinsi Papua dan tidak diadopsi oleh provinsi-provinsi lain.
Otonomi khusus bagi Papua Pegunungan juga diimplementasikan melalui alokasi dana transfer sebagai bagian dari perwujudan desentralisasi fiskal. Desentralisasi fiskal, merupakan komponen utama dari desentralisasi. Apabila Pemerintah Daerah melaksanakan fungsinya secara efektif dan mendapat kebebasan dalam pengambilan keputusan pengeluaran di sektor publik, maka mereka harus mendapat dukungan sumber-sumber keuangan yang memadai baik yang berasal dari Pendapatan Asli Daerah (PAD), Bagi Hasil Pajak dan Bukan Pajak, Pinjaman, maupun Subsidi/Bantuan dari Pemerintah Pusat.
Implikasi langsung dari kewenangan/fungsi yang diserahkan kepada Daerah adalah kebutuhan dana yang cukup besar. Untuk itu, perlu diatur perimbangan keuangan (hubungan keuangan) antara Pusat dan Daerah yang dimaksudkan untuk membiayai tugas yang menjadi tanggung jawabnya. Dari sisi keuangan Negara, kebijaksanaan pelaksanaan desentralisasi fiskal telah membawa konsekuensi kepada perubahan peta pengelolaan fiskal yang cukup mendasar.
